Successful case
科研解决方案
dhy大红鹰官方网站采用英国 LGC (Laboratory of theGovernment Chemist)有限公司 KASP 技术来进行SNP 检测服务,该技术具有标记转化成功率高、分型准确、开发费用低、灵活性强等特点,在国际上,已经广泛地应用到 SNP 检测中。dhy大红鹰官方网站 KASP 标记开发流程主要包括 SNP 及侧翼序列分析,KASP 标记设计、标记验证、样品检测等步骤(如图 1)。
用户可以从公司项目部或指定的位置获得客户序列提交表,按照表格的要求填写序列信息,包括 SNP 名称、作物名称、SNP 及侧翼序列、序列在检测作物基因组中的唯一性及提交样品序列的一致性等(见附表 1),提交的序列要求真是可靠。
客户如果要在客户样品中检测标记,需要提交 92 个样品用来标记验证,一般以 96 孔板的方式提交,剩余 4 个空点在标记验证中作为无样品阴性对照,若无足够的样品,最低不能少于 46个;
提交的样品要求在要验证的位点中具有多态的,major:minor<9:1,以满足标记分型的需要;提交样品中最好有已知分型的样品,以便辅助分型、增加标记准确性。
dhy大红鹰官方网站拥有高通量 DNA 提取平台,对于玉米、小麦、水稻等多种大田作物,已经有从叶片提取基因组 DNA 成熟方法,对于这些作物,客户可以直接送植物样品,dhy大红鹰官方网站负责植物DNA 提取。通过 OD 测定与电泳对标记验证用 DNA 进行质量控制后,经过均一化后的 DNA 用于标记验证。样品提交见附表 2。
根据客户提供的序列信息进行分析,判断是否满足标记设计的要求,如果客户不能确定,全基因组测序已完成,可以由中玉金标生物信息部完成序列分析;
标记设计要求如下:
1. 客户提供的 SNP 侧翼序列在待检测样品的基因组中必须为唯一拷贝;
2. 客户提供的 SNP 侧翼序列与待检测样品的基因组序列最好完全匹配;
KASP 是竞争性等位基因特异 PCR(Kompetitive Allele Specific PCR )缩写,该技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对 SNP 分型以及检测 InDels(其原理见图2), 标记开发只需设计出一条通用和两条特异性的引物,引物为普通引物,不需要荧光标记。 dhy大红鹰官方网站可根据客户的要求,提供专业化的标记设计。
dhy大红鹰官方网站有中通量 LGC SNP line 和高通量 Douglas SNP 检测平台,可根据客户样品和标记数量来选择平台,对设计成功的标记在相应的平台上进行验证。
验证数据产生后,根据 SNP 分型、标记多态性、分型成功率、NTC 有无扩增以及对照样品分型结果等对标记进行评估,如图 3,在相应的平台上,分型明确、成功率高、NTC 无明显扩增、对照准确为验证成功的标记。
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